Para maior tranquilidade de seus associados, o Sicoob possui fundos para garantir  a estabilidade de suas operações financeiras - o Fundo Garantidor de Crédito  (FGCOOP).

O FGCOOP é um fundo nacional que garante os depósitos dos associados por meio de indenizações até o valor de R$ 250 mil por título e cobre os chamados riscos não-sistêmicos, também denominado risco próprio, consequente direito de aspectos financeiros, da administração ou setor de atuação.